根据相关增值税政策，丢失车票后的抵扣方式如下：

一、补办票据抵扣

铁路车票

若丢失纸质车票，需联系原开票方补办注明旅客身份信息的铁路车票，按以下公式计算进项税额：

$$\text{铁路旅客运输进项税额} = \frac{\text{票面金额}}{1+9\%} \times 9\%$$

例如：丢失500元车票，可补办542.20元（含9%税额）的补票进行抵扣。

其他交通票据

- 航空运输：

使用航空运输电子客票行程单，计算公式为：

$$\text{航空旅客运输进项税额} = \frac{\text{票价+燃油附加费}}{1+9\%} \times 9\%$$

- 公路/水路：使用公路、水路等其他客票，公式为：

$$\text{公路/水路进项税额} = \frac{\text{票面金额}}{1+3\%} \times 3\%$$

补票时需确保新票据与原票据信息一致。

二、替代凭证抵扣（特殊情况）

若无法补办原票据，可用以下替代方式：

内部凭证：

提供购买车票的合同、旅行社出行报告、服务协议等能证明费用真实性的内部文件。

其他有效票据：

如餐饮发票（需符合业务性质）、差旅费报销单等（但需税务机关认可）。

税务机关认可的其他形式：

部分地区允许提交电子证明或经税务机关核验的电子数据。

注意：使用替代凭证时，需在增值税申报时一并提交相关证明材料，经税务机关查验后才能确认抵扣资格。

三、注意事项

所有票据需注明旅客身份信息，且与购票人信息一致；

若在有效期内丢失（通常为60天内），应及时补办；过期可能无法抵扣；

丢失车票可能影响后续税务审计，建议及时联系开票方并保留沟通记录。

建议优先补办原票据，若时间紧张可咨询税务机关确认替代方案。