员工动车票抵扣的流程如下：

确保发票类型

动车票抵扣需要使用 增值税专用发票，普通发票无法用于抵扣。

信息准确性

发票上的信息必须准确无误，包括购买方的纳税人识别号等信息。

发票认证

将取得的发票在规定的时限内通过税务系统进行认证，目前主要通过网上或增值税发票选择确认平台完成。

抵扣进项税额

认证通过后，在申报增值税时，按照发票上注明的税额进行进项税额的抵扣。计算公式为：铁路旅客运输进项税额 = 票面金额 ÷ （1+9%） × 9%。

申报流程

企业应在企业所得税申报时，将火车票的抵扣金额计入抵扣项目。需要注意的是，火车票的抵扣金额不能超过企业所得税应纳税所得额的50%。

记录台账

企业当期抵扣的差旅费进项税，除了专用发票外，其他的都要登记台账，台账需要登记：姓名、交通方式、起止地、时间、金额、可抵扣金额、记账的凭证号。

其他注意事项

动车票抵扣只限于购买动车客票，不适用于动车座位、高铁客票、增值服务、保险等商品及服务，也不可抵扣火车票及改签手续费等部分。

综上所述，员工因公出差乘坐动车所产生的费用，只要符合相关规定，均可申请抵扣。企业需要确保发票类型正确、信息准确、及时认证，并在申报增值税时进行相应的抵扣操作。同时，企业还需建立完善的台账记录，以便于税务审计和核查。