汽车出厂合格证在完成车辆上牌后， 需要交给车管所进行保存。具体操作流程如下：

新车上牌时提交：

当您购买一辆新车并在车管所进行上牌时，车辆合格证原件需要一并提交给车管部门。

车管所存档：

车管所在收到车辆合格证后，会将其存档，并放入车辆信息档案袋中。这些档案通常只有在进行车辆的变卖、转户或外迁等情况下才会用到。

不归还给车主：

需要注意的是，车辆合格证在上牌后不会归还给车主，而是由车管所长期保管。

因此，您无需担心车辆合格证的保存问题，因为它已经由车管所妥善保管，并在需要时可以通过正规程序进行查阅或使用。